DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15511 COc1cc(-c2ccc(S(=O)(=O)c3ccc(CCC4CCCC4)cc3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15512 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4cccc(NC(=O)C5CC5)c4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15513 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15514 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)CC4CC4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15515 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4c[nH]c(C(C)(C)C)c4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15516 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4cccc(C)c4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15517 COc1cc(-c2ccc(CCC3(C(=O)NC4CCCCC4)C=CCCC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15518 COc1cc(C2CCCC(N3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)C2)ccc1C(C)C AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15519 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(F)cc4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15520 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4c[nH]c5ccc(Cl)cc45)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15521 Nc1ncnc(-c2ccc(-c3ccc(Cc4ccccc4)cc3)cc2)n1 AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15522 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4c[nH]c(C)n4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15523 Nc1ncnc(-c2ccc(-c3ccc(Cc4ccccc4)c(F)c3)cc2)n1 AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15524 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(C5CCCCC5)cc4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15525 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccccc4C(F)(F)F)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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