DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15466 COc1cc(-c2ccc(-c3nc(NC4CCCCC4)c(C)n3C)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15467 COc1cc(-c2ccc(C3C=CN(S(=O)(=O)c4ccc(OCC(F)(F)C(F)(F)F)c(C5CCCC5)c4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15468 COc1cc(OC2CCN(C3CCCCC3)CC2)cc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15469 COc1cc(-c2ccc(C3C=CN(S(=O)(=O)c4ccc(OC(F)F)c(C5CC5)c4)C=C3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15470 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(CC4CCCCC4)C3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15471 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(C)c(C)c4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15472 COc1cc(-c2cccc(CCC3(C(=O)NC4CCCCC4)CCCC3)c2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15473 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(Cl)cc4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15474 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)N4CCN(C5CC5)CC4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15475 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(c4ccc(C)c(Cl)c4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15476 COc1cc(-c2ccccc2C(=O)N2CCC(C3CCCCC3)CC2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15477 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4c(F)ccc(Cl)c4C#N)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15478 COc1cc(-c2ccc(C(=O)NC(C)C3CCCCC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15479 COc1cc(-c2ccc(-c3cccc(CCCC4(C(F)(F)F)CC4)c3)s2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15480 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4cccc(F)c4C)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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