DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15451 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(OC5CCCC5)cc4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15452 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccccc4C)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15453 COc1cc(-c2ccc(C3CC(C(=O)NCc4ccccc4)C3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15454 COc1cc(OCc2ccccc2)ccc1C(=O)Nc1cccc(C2CC2)c1 AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15455 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(CC(C)(C)C)cc4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15456 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(OC5CC5)cc4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15457 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4cccc(F)c4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15458 COc1ccc(-c2ccc(Cl)c(Cl)c2)cc1C(=O)N1CCC(C2CC2)CC1 AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15459 COc1cc(-c2ccc(C3=CCCCC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15460 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4cccnc4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15461 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15462 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(CC(=O)N4CCOCC4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15463 COc1cc(-c2ccc(C(=O)Nc3cccc(CCCCC(=O)O)c3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15464 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(C5CC5)cc4)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15465 COc1cc(-c2ccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccccc4CC(F)(F)F)CC3)cc2)ccc1Cl AlphaDrug 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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