DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15391 CC1CN(c2ccc(Cl)cc2)CCN1C(=O)c1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2C(=O)O)cc(O)c1O AlphaDrug 6O5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15392 CC1CN(c2ccc(Cl)cc2)CCN1C(=O)c1cc(-c2ccc(C(=O)c3cccc(O)c3)c(O)n2)cc(O)c1O AlphaDrug 6O5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15393 CC1CN(C(=O)C(Cc2ccccc2)NS(=O)(=O)c2ccc(Cl)cc2)CCN1C(=O)c1ccncc1-c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 6O5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15394 CC1COCCN1C(=O)N1Cc2ccccc2C1C(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 6O5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15395 CC1CN(c2c(O)ccc(O)c2O)CCN1C(=O)c1cc(-c2ccc(C(=O)n3ccc4c(O)cccc4c3=O)cc2F)cc(O)c1O AlphaDrug 6O5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15396 CC1CN(c2ccc(Cl)cc2)CCN1C(=O)c1cc(-c2ccc(C(=O)N3CCc4ccccc4C3)cc2F)cc(O)c1O AlphaDrug 6O5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15397 Cc1cc(C(=O)NO)ccc1NC(=O)C1CCCN1C(=O)N1CCN(C(=O)c2cc(N3CCOCC3)cc(O)c2O)C(C)C1 AlphaDrug 6O5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15398 C=C(CC(=O)N1C2CCC1C(C)(C)C2O)C12C(=O)c3cc(O)ccc3CN(C1=O)c1ccccc12 AlphaDrug 6O5T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15399 CCc1ccc(-c2nc(C)cc(NC(=O)Nc3cccc4cnc(N)nc34)n2)cc1 AlphaDrug 5MKS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15400 CCc1ccc(-c2nc(NC(=O)Nc3cccc4cnc(N)nc34)ccc2F)cc1 AlphaDrug 5MKS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15401 CCc1ccc(O)c2nc(NC(=O)c3ccc(C#N)cc3)n(Cc3ccc(F)cc3)c12 AlphaDrug 5MKS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15402 CCc1ccc(-c2nc(NCc3ccc(F)cc3)nc(NC(=O)Cc3ccc(O)cc3)n2)cc1 AlphaDrug 5MKS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15403 CCc1ccc(-c2nc(NCc3ccc(F)cc3)nc(NC(=O)NCc3ccc(F)cn3)n2)cc1 AlphaDrug 5MKS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15404 CCc1ccc(-c2nc(/N=C/c3cccnc3)ncc2C)cc1-c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5MKS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15405 CCc1ccc(-c2nc(NC(=O)Nc3ccc4nc(N)[nH]c4c3)c(O)cc2F)cc1 AlphaDrug 5MKS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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