Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
15361	COc1ccc(C(c2ccc(F)cc2)N2C=CN(c3cc(C(=O)N4CCOCC4)cc(O)c3Cl)CC2)cc1	AlphaDrug	6GON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15362	COc1ccc(C(C(=O)NCc2ccc(F)cc2)N2CCN(c3ccc(C(=O)N4CCCC4)cc3C)CC2)cc1	AlphaDrug	6GON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15363	O=C(NC1CCCCC1)c1ccc(N2CCC(O)CC2)cc1	AlphaDrug	6GON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15364	COc1ccc(C(N2CCN(c3cc(-c4[nH]c5cc(F)ccc5c4C)ccc3F)CC2)C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	6GON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15365	COc1ccc(C(c2ccc(-c3ccccc3C(F)(F)F)cc2)N2CCN(c3cc(-c4ccc(F)cc4C)ccc3F)CC2)cc1	AlphaDrug	6GON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15366	COc1ccc(C(c2ccc(F)cc2)N2CCN(c3cc(-c4cccnc4C(F)(F)F)ccc3Cl)CC2)cc1	AlphaDrug	6GON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15367	COc1ccc(C(c2ccc(F)cc2)N2CCN(c3nccnc3C(=O)NCC3CCCCC3)CC2)cc1	AlphaDrug	6GON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15368	COc1ccc(C(C(=O)NCc2ccccn2)N2CCN(c3cc(-c4ccnc5[nH]cnc45)ccc3F)CC2)cc1	AlphaDrug	6GON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15369	CC(C)(C)CCCCCN(c1ccncc1)S(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)s1	AlphaDrug	6DH2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15370	CC(C)(C)CNC(=O)c1cc(-c2ccc(C3CCCC(NC(=O)c4cncnc4)CC3)cc2)ccc1Cl	AlphaDrug	6DH2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15371	CC(C)(C)Oc1cccc(Nc2c(C(=O)O)ncnc2C(=O)O)c1	AlphaDrug	6DH2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15372	CC(C)(C)CCC(=O)N1CCC(Nc2ccc(-c3cccc(OCC(=O)O)c3)cc2C(=O)O)CC1	AlphaDrug	6DH2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15373	CC(C)(C)CCC(=O)CN1CCC(Nc2ccc(C(=O)O)cc2C(=O)O)CC1	AlphaDrug	6DH2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15374	CC(C)(C)CCC(=O)N1CCC(Nc2ccc(-c3cccc(OCc4cccc(O)c4)c3)cc2C(=O)O)CC1	AlphaDrug	6DH2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15375	CC(C)(C)CCC(=O)N1CCC(Nc2ccc(-c3ccccc3)cc2C(=O)O)CC1	AlphaDrug	6DH2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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