DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15421 Cc1c(NC(=O)c2ccc(O)c(-c3ccc(O)c(C(=O)O)c3)c2)ccc(Cl)c1Cl AlphaDrug 6MM2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15422 O=C(O)c1cc(-c2noc(-c3cc(N4CCCC4)ccc3C(F)(F)F)n2)ccn1 AlphaDrug 6MM2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15423 N#Cc1cc(Cl)ccc1NC(=O)c1ccc(-c2cc(C(=O)O)c(O)cc2Cl)cc1 AlphaDrug 6MM2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15424 O=C(Nc1ccc(Cl)cc1-c1ccccc1)c1ccc(O)c(-c2ccc(O)c(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 6MM2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15425 O=C(O)c1cc(Nc2ccnc3ccccc23)c2nc(-c3ccc(C4CC4)cc3)n(CC3CC3)c2c1 AlphaDrug 6MM2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15426 O=C(O)c1ccc2sc(-c3ccnc(C(=O)O)c3)cc2c1 AlphaDrug 6MM2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15427 O=C(O)c1cc(-c2n[nH]c(C3CCCCC3)n2)ccc1O AlphaDrug 6MM2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15428 Nc1ccc(OCC(c2ccccc2)c2ccc(-c3cccc(N4CCOCC4)n3)cc2)cc1 AlphaDrug 5HCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15429 Nc1ccc(OCC(c2ccccc2)c2ccc3c(c2)CCC3)cc1O AlphaDrug 5HCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15430 Nc1ccc(OCC(c2ccccc2)c2ccc3c(c2)CN(C(=O)C(O)C2CC2)CC3)cc1 AlphaDrug 5HCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15431 Nc1ccc(OCC(c2ccccc2)c2ccc(Cl)cc2)c(Cl)c1 AlphaDrug 5HCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15432 Nc1ccc(OCC(c2ccccc2)c2ccc3c(c2)OCCO3)cc1 AlphaDrug 5HCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15433 Nc1ccc(Cc2ccc3cccc(Oc4ccccc4)c3c2)cc1 AlphaDrug 5HCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15434 Cn1c(-c2cc3ccccc3c(=O)n2Cc2ccccc2)cc2ccccc21 AlphaDrug 5HCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15435 Nc1ccc(OCC(c2ccccc2)c2cccc(N3CCCC3)n2)cc1O AlphaDrug 5HCV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

15421 to 15435 of 73725 items. Total 4915 pages.