DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15346 N#Cc1ccc(C(=O)NC2CC(c3ccc(C(=O)O)cc3)C2O)cc1 AlphaDrug 4D7B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15347 O=C(O)c1ccc(C2CCCN(c3ccc4c(OCc5cccc(C(F)(F)F)c5)cccc4n3)CC2)cc1 AlphaDrug 4D7B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15348 CC(C)(COc1ccc(N2CCC(c3ccc(Cl)cc3)CC2)c(C(=O)O)c1)c1ccccc1 AlphaDrug 4D7B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15349 CC(NC(=O)C(=O)NC(C(=O)O)c1ccccc1)C(=O)NCc1ccncc1O AlphaDrug 4RFR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15350 CC(NC1CCCCC1)c1cc(Cl)cc(C(=O)NS(=O)(=O)c2ccccc2Cc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4RFR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15351 CC(NC1CCCCC1)c1cc(Cl)cc(C(=O)NS(=O)(=O)c2ccccc2Cc2ccccc2)c1 AlphaDrug 4RFR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15352 CC(NC1CCCCC1)c1cc(Cl)cc(C(=O)NS(=O)(=O)c2ccc(N3CCN(c4ccc(Cl)cc4)CC3)cc2)c1 AlphaDrug 4RFR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15353 CC(NC1CCCC1)c1cc(Cl)cc(-c2ccc(C(=O)NCc3ccccc3O)cc2)c1 AlphaDrug 4RFR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15354 CC(NC1CCCCC1)c1cc(Cl)cc(-c2ccc3c(c2)c(=O)[nH]c(=O)n3C)c1 AlphaDrug 4RFR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15355 CC(NC(=O)C(N)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)NCc1ccccc1)C(=O)NCc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4RFR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15356 CC(NC1CCCCC1)c1cc(Cl)cc(-c2cccc(C(=O)NCc3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 4RFR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15357 CC(NC1CCCCC1)c1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)NCc3ccccc3O)cc2O)cc1 AlphaDrug 4RFR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15358 CC(NC1CCCCC1)c1cc(Cl)cc(C(=O)NS(=O)(=O)c2ccc(C3CC3)cc2)c1 AlphaDrug 4RFR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15359 COc1ccc(C(=O)Nc2cccc(CCC3CCN(c4cccnc4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 6GON ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15360 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(c3ccc(-c4ccc5ccccc5c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6GON ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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