DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15286 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc3[nH]ncc3c2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15287 Cc1nc2cc(-c3ccc(N4CCN(C(=O)Cc5ccc(C(F)(F)F)cc5)CC4C)cc3)ccc2[nH]1 AlphaDrug 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15288 CC1CCCCC1Sc1ccc(-c2ccc3c(c2)C2(CCCCC2)CC(N)CCC3)cc1 AlphaDrug 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15289 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3cccnc3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(OC)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15290 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3C=CCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15291 COc1ccc(C(C)(C)Nc2ccc3c(c2)C(O)CCO3)cc1Cc1ccc2[nH]c(=O)[nH]c2c1 AlphaDrug 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15292 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3ccc4c(c3)OCO4)ccc2O)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15293 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3ccccc3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc3[nH]ncc3c2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15294 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)C(=O)NO)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15295 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCN(C4CCCCC4)CC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15296 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3c(F)cccc3F)cc(C(F)(F)F)c2)c2c(F)cccc2F)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15297 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2nc(-c3cnnn3CC(F)(F)F)c[nH]2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15298 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCN(c4ccccc4)CC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15299 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3c[nH]c4cc(C(F)(F)F)ccc34)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15300 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3c[nH]c4ccc(F)cc34)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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