DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15271 Cc1ccc(C(=O)NO)cc1-c1ccc(N2C=CN(S(=O)(=O)c3ccc(Cc4ccccc4)cc3)CC2C)cc1 AlphaDrug 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15272 Cc1ccc(C(=O)NO)cc1-c1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)c3ccc4ccc(F)cc4c3)CC2C)cc1 AlphaDrug 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15273 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3c[nH]c4c(F)cccc34)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15274 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3c[nH]c4ccccc34)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15275 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)C2=NN(C(=O)O)CCC2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15276 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCN(C4CCCCC4)CC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15277 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc3c(c2)C2(CCCCC2)CO3)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15278 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15279 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3c(F)cccc3Cl)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15280 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCN3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(C3CCN(C(=O)NO)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15281 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(Cl)cc2F)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15282 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N(C)C)ccc2C)c2ccc3c(c2)C(O)CCO3)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15283 CCN(Cc1ccc(-c2ccc3c(c2)OCCO3)cc1)/C1=C/C2=C/C=C\C3=C(CCC2CC3)Nc2ccccc21 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15284 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15285 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3C=CN(C(N)=O)CCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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