DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15226 COc1ccc(COC(=O)N2CCC(c3nc4cc(-c5ccc(C(=O)O)cc5)ccc4[nH]3)CC2)cc1 AlphaDrug 5VIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15227 Nc1ccccc1C(CSc1nc2ccccc2c(=O)[nH]1)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5VIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15228 C=C(c1ccc(OC)nc1)c1cn2c(n1)C(NC(=O)c1ccc(-c3cccnc3)cc1)CCC(C)(C)CO2 AlphaDrug 5VIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15229 COc1ccc(C2CCN(C(=O)CCC3=NC(=O)N(C)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5VIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15230 COc1ccc(CC(NC(=O)C(N)Cc2ccc(OC)cc2OC)C(=O)NCc2cccc(OC)c2)cc1 AlphaDrug 5VIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15231 COc1ccc(OC)c(C(=O)Nc2ccc(-c3ccc(S(N)(=O)=O)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 5VIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15232 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(Cn3cnc4ccc(-c5ccc(N(C)C(=O)C(C)(C)C)cc5)cc4c3=O)n(C)c2=O)cc1Cl AlphaDrug 5VIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15233 COc1ccc(C(=O)Nc2cc3nc(NCC(=O)NC(Cc4ccccc4)C(=O)O)[nH]c3cc2F)cn1 AlphaDrug 5VIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15234 COc1ccc(C(=O)c2cc3c(O)cc(O)cc3o2)cc1 AlphaDrug 5VIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15235 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3=NOCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15236 CCN(Cc1ccc(-c2ccc3c(c2)OCCO3)cc1)c1cc2c(cn1)C(O)CCN/C(c1ccc(F)cc1)=C\C=C/2 AlphaDrug 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15237 COc1ccc(-c2cc3ccccc3[nH]2)cc1Cc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15238 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2cc3ccccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15239 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2cc(C(F)(F)F)ccc2C)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15240 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2cc(F)ccc2F)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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