DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15181 Cc1ccc(Nc2ncc(C(=O)Nc3c(C)cccc3Cl)s2)cc1C(=O)N1CCN(c2ccc(F)cc2)CC1 AlphaDrug 4ZW8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15182 Cc1ccc(O)c(-c2ccc3c(-c4ccc(C(=O)NCCC5CC5)cc4)ncnc3c2)c1 AlphaDrug 4ZW8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15183 CCc1ccn2c(-c3ccc(-c4cccc(CN5CCC(N)C5)c4)cc3)cnc2c1 AlphaDrug 4ZW8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15184 Cc1cc(-c2cn(C3CCCCC3)c(=O)[nH]2)nc(C)c1C AlphaDrug 4ZW8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15185 CC(=O)N1CCC(Nc2nc(C)nc(Nc3ccc(-c4ccc(N(C)C)cc4)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 6HZA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15186 CS(=O)(=O)Nc1ccc2nc(Nc3ccc(F)c(NC(=O)N4CCN(c5ccc(F)cc5)CC4)c3)c(C(=O)O)cc2c1 AlphaDrug 6HZA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15187 CN(C)c1ccc(-c2ccc(Nc3nc4c(cc3Cl)C(C)(C)NC4=O)cn2)cc1 AlphaDrug 6HZA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15188 Cc1nc(Nc2ccc(-c3ccc(N(C)C)cc3)cc2)nc(NC2C=CCCCC2)n1 AlphaDrug 6HZA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15189 CN(C)c1ccc(-c2ccc(Nc3nc(NC4CCNCC4)ncc3C(=O)NC3CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HZA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15190 CN(C)c1ccc(-c2ccc(Nc3nc(NC4CCN(Cc5ccccc5)CC4)ncc3C(=O)NCCC3CCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HZA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15191 CN(C)c1ccc(-c2ccc(Nc3nc(NC4CCN(Cc5ccccc5)CC4)ncc3C(N)=O)cc2)cc1 AlphaDrug 6HZA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15192 CN(C)c1ccc(COc2ccc(-c3ccc(NC(=O)N4CCN(c5ccccc5Cl)CC4)cn3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HZA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15193 CN(C)c1ccc(-c2nc3ccc(C(=O)NCCCN4CCOCC4)cc3c(=O)[nH]2)cc1 AlphaDrug 6HZA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15194 CN(C)c1cc(NC(=O)C2CCCN2C(=O)c2ccc(Cl)cc2Cl)cc(N2CCN(c3ccccc3)CC2)c1 AlphaDrug 6HZA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15195 N=C(N)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc(F)c3)c(OCc3ccccc3)c2)cc1 AlphaDrug 5VD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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