DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15196 N=C(N)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc(CNC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5VD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15197 N=C(N)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc(N)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5VD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15198 N=C(N)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc(OCCCCO)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5VD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15199 N=C(N)c1ccc(-c2ccc(C(Cc3ccccc3)n3cccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5VD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15200 N=C(N)c1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 5VD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15201 N=C(N)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)cc1 AlphaDrug 5VD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15202 N=C(N)Oc1ccc(-c2ccc(-c3cccc(CCOc4cccc(N5CCCC5)c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5VD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15203 N=C(N)c1ccc(Oc2cc(Cl)ccc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5VD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15204 N=C(N)c1ccc(N2CCN(c3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5VD0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15205 Cn1ccnc1CN(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)C(Cc1cccc(F)c1)NC(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 3WTO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15206 Cn1ccnc1C(Cc1ccc(N2CCCCC2)nc1)c1ccc(NC(=O)C2CC2)cc1 AlphaDrug 3WTO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15207 Cn1cnc(-c2cc3c(-c4ccc(S(N)(=O)=O)cc4)cc(Cl)cc3[nH]2)n1 AlphaDrug 3WTO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15208 Cn1ccnc1NC1CCN(c2cc(C(=O)NCc3ccc(Cl)cc3)ncn2)C1 AlphaDrug 3WTO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15209 Cn1ccnc1C(Oc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C1CC=C(C(=O)NC(Cc2ccccc2)NS(C)(=O)=O)CC1 AlphaDrug 3WTO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15210 Cn1cc(-n2c(C(=O)NCC3CCCCCC3)nnc2-c2ccccc2)cn1 AlphaDrug 3WTO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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