DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15166 Cc1cc(O)cc(C2CCC3CCC(N)C(=O)NC3CCC(C)(C)C3CC(C)(C)C(=O)NC3C2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15167 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3n[nH]c4cc(C(=O)NO)ccc34)c2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15168 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(N)c(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15169 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cc4[nH]c(=O)[nH]c4cc3C(F)(F)F)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15170 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)n4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15171 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)Nc4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15172 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(-c5ccccc5)nc4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15173 Cc1cccc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C4CCN(C(=O)NCC(C)(C)C(=O)O)CC4)c3)c2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15174 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cc(C(F)(F)F)cc(N)c3C(F)(F)F)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15175 Cc1cccc(-c2cc3cccnc3cc2NC(=O)c2cc(N)nn2C)c1 AlphaDrug 4ZW8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15176 Cc1ccc(-c2cc3ccnc(NC(=O)c4cccc(C)c4)c3nc2C)cc1 AlphaDrug 4ZW8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15177 Cc1ccc(O)c2c1oc1ccc(-c3ccnc(NC(=O)Nc4ccc(F)cc4)c3)cc12 AlphaDrug 4ZW8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15178 Cc1ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc1-c1ccc2[nH]c(C3CNC3)nc2c1 AlphaDrug 4ZW8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15179 Cc1ccc(OCc2cc(C3CCC3)nc(N3CCNCC3)n2)cc1 AlphaDrug 4ZW8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15180 Cc1nc2cc(C(=O)Nc3cnn(-c4ccc(F)cc4)c3NC3CCCCC3)ccc2[nH]1 AlphaDrug 4ZW8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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