DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15106 CC(C)c1cccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3[nH]c4cc(Cl)ccc4c3CC3CCC(N)CC3)c2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15107 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4c[nH]c5ccccc45)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15108 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)nc4)c3)c(F)c2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15109 Cc1cc(O)cc(C(=O)NC2CCC3CCC2/C2=C\C=C/C=C\CN3OCCCOCC(=O)Nc3ccc(cc3)O2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15110 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(O)c(Cl)c4)c3)c(O)c2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15111 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cc4c(cc3O)CCN(CCO)CCN4)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15112 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3c[nH]c4ccc(C(=O)NC5CCCCC5)cc34)c2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15113 COc1ccc(C(=O)Nc2cccc(-c3ccc(N[SH](C)(=O)c4cccc(C(C)C)c4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15114 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(-c5ncnc6ccccc56)cc4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15115 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cc4[nH]c(C(C)(C)C)nc4cc3CN3CCOCC3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15116 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15117 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(=O)NC4CCCCC4N)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15118 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)nc4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15119 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(N5CCN(CC6CC6)CC5)cc4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15120 CC(C)c1cccc(C(C)(C)C(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(CN5CCCCC5)cccc4c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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