DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15076 O=C(c1ccc(C(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2cccc3ccccc23)cc1)N1CCCCC1 AlphaDrug 6GNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15077 O=C(c1ccc(C(Cc2ccccc2)c2ccc(Cl)cc2)cc1)N1CCCCC1 AlphaDrug 6GNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15078 O=C(c1ccc(-n2c(C3CC3)cnc2-c2ccc(F)cc2OCCCN2CCCC2)cc1)N1CCCCC1 AlphaDrug 6GNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15079 O=C(Nc1ccc(F)cc1)C(c1ccc(C(F)(F)F)cc1)N1CCCCC1 AlphaDrug 6GNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15080 Cc1ccc(OC2CCCC=CC2C)cc1/C=C/C(NC(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1)c1cccc(OCC(=O)O)c1 AlphaDrug 5NXG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15081 Cc1cc2c(c(Cl)c1C)-c1ccc3c(cccc3c1)C2 AlphaDrug 5NXG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15082 Cc1cc2c(cc1OCCCCN1CCOCC1)/C1=C/C3=CC(=C4C=CC=CC=C4C(=O)N3)CCCC1C2 AlphaDrug 5NXG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15083 Cc1ccc(N2CCOCC2)cc1C(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 5NXG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15084 Cc1ccc(C(=O)CC(NC(=O)c2ccc(C(C)C)cc2)C(C)(C)C)c(N)c1 AlphaDrug 5NXG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15085 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(-c4cccc5ccccc45)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5NXG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15086 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(O)c(Cl)c4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15087 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(Cl)c(O)c4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15088 CC(C)(C)c1cccc(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15089 CC(C)c1cccc(C(C)(C)C(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(ccn4Cc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15090 CC(C)c1cccc(C(C)(C)C(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(ccn4Cc4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

15076 to 15090 of 73725 items. Total 4915 pages.