Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
15031	CCc1cc(NC(=O)C(Cc2ccc(C(=O)NS(=O)(=O)C3CCC(N4CCN(C)CC4)C3)cc2)c2ccc(F)cc2)cc(C(=O)O)c1C	AlphaDrug	5MPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15032	CCc1ccc2cc(CC(NC(=O)C3CCN(C(=O)C4CCC4)CC3)C(=O)Nc3cc(C)c(C(=O)O)c(CC)c3)ccc2c1	AlphaDrug	5MPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15033	CCc1cc(NC(=O)C(Cc2ccc3cc(OC)cc(C)c3c2)NC(=O)C2CCN(C(=O)C3CC3)CC2)cc(C)c1C(=O)O	AlphaDrug	5MPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15034	CCc1cc(NC(=O)C(Cc2ccc(C(=O)NS(=O)(=O)C3CCC(N4CCN(C)CC4)C3)cc2)c2ccc(Cl)cc2)cc(C#N)c1C(=O)O	AlphaDrug	5MPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15035	CCc1cc(NC(=O)C(Cc2ccc(C(C)(C)C(=O)O)cc2)NC(=O)NC(Cc2ccc(OC)cc2)C(C)O)cc(C)c1Oc1ccc(OC(C)=O)c(O)c1	AlphaDrug	5MPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15036	CCc1cc(NC(=O)C(Cc2ccc(C(=O)NO)cc2)c2cccc(C)c2)cc(C)c1OC	AlphaDrug	5MPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15037	CCc1cc(NC(=O)C(Cc2ccc(C(C)C(=O)O)cc2)NC(=O)CO)cc(C)c1C(=O)N1CCN(C2CCCC2)CC1	AlphaDrug	5MPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15038	CCc1cc(NC(=O)C(Cc2ccc(C(=O)NS(=O)(=O)C3CCC(N4CCN(C)CC4)C3)cc2)c2ccc(F)cc2F)cc(CC(=O)O)c1C(=O)O	AlphaDrug	5MPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15039	CCc1cc(NC(=O)C(Cc2ccc(C(=O)NS(=O)(=O)C3CCC(CN)N(C)C3)cc2)c2ccc(F)cc2)cc(C(=O)O)c1C	AlphaDrug	5MPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15040	Cc1ccc(-n2nc(N3CCCC3)nc2-c2ccc(C)c(C)c2)cc1	AlphaDrug	5I3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15041	Cc1ccc(-n2nc(-c3ccc(C)c(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)cc2C2CCCCCC2)cc1	AlphaDrug	5I3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15042	Cc1ccc(-c2nc(-c3cccc(C)c3)c(-c3ccc(Cc4ccccc4)c(C(F)(F)F)c3)s2)cc1	AlphaDrug	5I3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15043	Cc1ccc(-c2nc(C(=O)N3CCN(c4cccc(Cl)c4)CC3)c(-c3ccc(Cc4ccccc4)c(C(F)(F)F)c3)s2)cc1	AlphaDrug	5I3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15044	Cc1ccc(-c2nc(N3CCC(N(C)C(=O)O)CC3)c(-c3ccc(Cc4ccccc4)c(C(F)(F)F)c3)s2)cc1	AlphaDrug	5I3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15045	Cc1ccc(-c2nc(-c3ccccc3)c(-c3ccc(CCCC4CCCCC4)cc3)[nH]2)cc1	AlphaDrug	5I3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

15031 to 15045 of 73725 items. Total 4915 pages.