DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14986 Cc1sc2c(Oc3ccc4c(c3)C(=O)N4)cncc2c1C AlphaDrug 5FHN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14987 Cc1cc(NC(=O)c2cccc(OC3=CC(NC(=O)c4ccc(Cl)cc4)=C3)c2Cl)cc(C)c1O AlphaDrug 5FHN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14988 Cc1cc(C#N)cc(NC(=O)c2cccc(OC3=CC(NC(=O)c4ccc(N5CCNCC5)cc4)=C3)c2)c1 AlphaDrug 5FHN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14989 Cc1cc(NC(=O)c2cccc(OC3=CC(NC(=O)c4cc(C)sc4N)=C3O)c2)cc(N2CCN(S(C)(=O)=O)CC2)c1 AlphaDrug 5FHN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14990 Cc1cc(CCC2CC(=O)N(C)C2)ccc1OC(=O)NCC(C)C AlphaDrug 4UAC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14991 CC(Cc1ccc(-c2ccc(C(C)(C)C)cc2)cc1)NC(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4UAC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14992 Cc1cccc(-c2cc(NCC(C)C(=O)Nc3cccc(Cl)c3)no2)c1 AlphaDrug 4UAC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14993 COc1ccc(CC(C)NC(=O)c2cc(Nc3cccc(NC(=O)Nc4ccccc4)c3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4UAC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14994 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)Nc1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC(CCCN)C(=O)O AlphaDrug 4UAC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14995 CCCNC(=O)c1cc(-c2ccc(CC(=O)NCCO)cc2)ccn1 AlphaDrug 4UAC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14996 CC(=O)Nc1cc(-c2ccc(Cl)cc2)ccc1C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4UAC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14997 CC(C)(O)CNC(=O)Nc1cc(-c2cccc(NCCCCCCC/C=C/CCCCCCCCCN3CCCC3)c2)ccc1C(=O)Nc1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 4UAC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14998 CC(Nc1nc(-c2ccc(CCNC3CC3)cc2)nc2ccccc12)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4UAC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14999 Cc1cccc(-c2nc(-c3ccc(C(=O)NCC(C)c4ccccc4)cc3)cs2)n1 AlphaDrug 4UAC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15000 Oc1cccc(-c2ccc(-c3nc4ccccc4n3CCCCN3CCOCC3)cc2)c1 AlphaDrug 5LVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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