DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14926 COc1ccc(-c2ccc(C3=CCN(C(=O)c4cn(C)c5ccc(-c6ccc(F)cc6)cc45)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NAU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14927 COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc4c(=O)cc(C#N)oc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14928 COc1cc(NC(=O)c2cc3ccccc3cc2OC)cc(-c2ccc(F)cc2)c1 AlphaDrug 5NAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14929 COc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)c3c(F)cccc3-c3ccc(C)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14930 CN(Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5I3A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14931 O=C(Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccccc1-c1cccc([N+](=O)[O-])c1 AlphaDrug 5I3A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14932 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(C(=O)c2ccc(F)cc2)cc2cc(C(=O)O)ccc12 AlphaDrug 5I3A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14933 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2O)cc1)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 5I3A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14934 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(N=O)cc1 AlphaDrug 5I3A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14935 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)NO)cc2)cc1 AlphaDrug 5I3A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14936 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(C(=O)NO)cc1 AlphaDrug 5I3A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14937 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cccc2cc(O)ccc12 AlphaDrug 5I3A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14938 CN(Cc1cccc(-c2ccccc2)c1)c1ccc(C(=O)NO)cc1 AlphaDrug 5I3A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14939 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(C(=O)NO)ccc1COCc1ccccc1 AlphaDrug 5I3A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14940 Cc1nc2ccc(-c3ccc(S(=O)(=O)N4CCCNCC4)cc3)cc2n1Cc1ccccc1 AlphaDrug 5K1F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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