DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14956 CC(C)CC(=O)Nc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(c3ccc(OCC(=O)Nc4cccc(Cl)c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4PF5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14957 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(O)cc1)C(=O)NCc1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 4PF5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14958 CC(C)CC(Nc1ccc(S(C)(=O)=O)cc1)C(=O)N1CCC(Nc2ccnc3ccccc23)CC1 AlphaDrug 4PF5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14959 CC(C)CC(Nc1ccc(S(C)(=O)=O)cc1)C(=O)N1CCC(Nc2nc3ccccc3c(=O)n2C)CC1 AlphaDrug 4PF5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14960 NC1CCCC(Nc2ccc(OCC(=O)O)c3ccccc23)C1 AlphaDrug 6G2E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14961 NC1CCCC(Nc2ccc(-c3ccc(-c4nnc(C5CCN(C(=O)C(=O)NC6CC6)CC5)[nH]4)cc3)cn2)C1 AlphaDrug 6G2E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14962 NC1CCN(c2ccc(-c3ccc(C(=O)NC(=O)c4cccc(N5CCCC5)c4)cc3)cc2)C1 AlphaDrug 6G2E ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14963 Nc1nccc2c1nc(CC1CC1)c1ccc(NC3CCCC(N)C3)cc12 AlphaDrug 6G2E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14964 NC1CCCC(Nc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2C2(C(=O)NC(=O)NC3CCCCC3)CC2)C1 AlphaDrug 6G2E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14965 NC1CCCC(Nc2cc(-c3cccc(-c4nnc(C5(C(=O)NC(=O)NC6CC6)CC5)cc4C(F)(F)F)c3)ccn2)C1 AlphaDrug 6G2E ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14966 Cc1ccc(C(=O)NCc2ccc(C(=O)NC3CCCCC(N)C3)cc2)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 6G2E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14967 Cc1ccc(C(=O)NCc2ccc(C(=O)NC(=O)OC3CCCCC3N)cc2)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 6G2E ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14968 NC1CCCC(Nc2cccc(C(=O)NC(=O)c3ccc(OCC(=O)O)c(-c4cccc(C(=O)O)c4)c3)c2)C1 AlphaDrug 6G2E ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14969 Nc1cc(-c2cccc(NC3CCCC(N)C3)c2)ccn1 AlphaDrug 6G2E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14970 Cc1cc(C(F)(F)F)cc2nn(-c3cc(C(=O)NC4CCC(C(=O)O)CC4)ccc3Cc3ccccc3)cc12 AlphaDrug 5DW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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