DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15001 O=C(c1cccc(C(F)(F)F)c1)c1c(O)cccc1-c1ccc(-c2cccc(O)c2)cc1 AlphaDrug 5LVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15002 O=C(NCC1CCCCCC1)c1ccc(-c2cccc(O)c2)cc1 AlphaDrug 5LVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15003 Oc1cccc(-c2ccc(-c3cccc(CNc4nc5cc(C(F)(F)F)ccc5[nH]4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 5LVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15004 Oc1cccc(-c2cccc(-c3ccc(CN4CCCC4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 5LVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15005 Oc1ccccc1CN1CCN(Cc2cccc(OC(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5LVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15006 CN1CCN(C(=O)c2cc3c(-c4ccc(OC(F)(F)F)cc4)cccc3[nH]2)CC1 AlphaDrug 5LVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15007 Oc1cccc(-c2ccc(-c3cccc4ccccc34)nc2)c1 AlphaDrug 5LVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15008 Oc1cccc(-c2cccc3cccc(O)c23)c1 AlphaDrug 5LVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15009 Oc1cccc(-c2ccc(-c3cccc(OCc4cc(F)cc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 5LVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15010 COc1cccc(O)c1C(=O)Nc1ccc(C(=O)OCc2ccc3ccccc3c2)c(Cl)c1 AlphaDrug 6JB0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15011 COc1cccc(Cc2nc3ccccc3n2Cc2ccc(C(=O)O)cc2)c1 AlphaDrug 6JB0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15012 COc1cccc(Cc2nc3ccccc3n2Cc2ccc3c(c2)OCO3)c1 AlphaDrug 6JB0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15013 COc1cccc(Cc2nc3ccccc3n2Cc2ccc(O)c3ccc(OC)cc23)c1 AlphaDrug 6JB0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15014 COc1cccc(Cc2nc3ccccc3n2-c2cccnc2)c1 AlphaDrug 6JB0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15015 COc1cccc(Cc2nc3cccc(O)c3n2CCc2ccc(O)cc2)c1 AlphaDrug 6JB0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

15001 to 15015 of 73725 items. Total 4915 pages.