Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
15061	CCCCCCN(Cc1ccc(-c2ccc(C)cc2)cc1)C(=O)N(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)c1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	5C1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15062	CCCCCCCCCCCCC/C=C/CCCC(=O)NC(C(=O)N(C)C(=O)NC(Cc1c[nH]c2ccccc12)c1ccc(C(=O)O)cc1Cl)C(C)C	AlphaDrug	5C1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15063	CCCCCCCCCCCCCCCCCCC(=O)NC(C(=O)N(C)C(=O)NC(Cc1cccc2ccccc12)C(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(F)cc1)C(C)C	AlphaDrug	5C1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15064	CCCCCCCCCCCCCCCCCCC(=O)NC(C(=O)N(C)C(=O)NC(C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)O)C(Cc1ccc(O)cc1O)c1ccccc1)C(C)C	AlphaDrug	5C1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15065	CCCCCCCCCCC/C=C/CC/C=C/CN(CC(=O)NC(=O)OC)c1ccc(C(=O)N2CCCCC2=O)cc1	AlphaDrug	5C1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15066	CCCCCCCCC/C=C/CCCCCCCC(=O)NC(C(=O)N(C)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NS(=O)(=O)c1ccccc1)C(C)C	AlphaDrug	5C1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15067	CCCCCCCCCCCCCCCCNC(=O)OCC(OC(=O)N(C)C)c1ccc(-c2ccccc2C)cc1	AlphaDrug	5C1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15068	CCCC/C=C/CCCCCCCCCCCCC(=O)NC(=O)N(C)CC(CC(C)C)C(=O)NO	AlphaDrug	5C1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15069	CCCCCCCCC/C=C/CCC(=O)CCc1ccc(OCC(O)CCc2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5C1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15070	O=C(c1ccc(C(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2cccc(OCCN3CCCCC3)c2)cc1)N1CCCCC1	AlphaDrug	6GNP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15071	Cc1cc(OC2CCN(c3cc(C4CCCCC4)ncn3)CC2)cc(-n2cnc3ccccc32)c1	AlphaDrug	6GNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15072	O=C(c1ccc(C(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(=O)N2CCCCC2)cc1)N1CCCCC1	AlphaDrug	6GNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15073	O=C(c1ccc(C(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)cc1)N1CCCCC1	AlphaDrug	6GNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15074	O=C(O)c1ccc(CNC(=O)C(Cc2ccccc2)c2ccc(C(=O)N3CCCCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	6GNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15075	Cc1cc(OC2CCN(c3ccc(C(=O)NCc4ccc(F)c(F)c4)cn3)CC2)ccc1Cl	AlphaDrug	6GNP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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