Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
15046	Cc1ccc(-c2nc(C(=O)N3CCN(C(=O)O)CC3)c(-c3ccc(Cc4ccccc4)c(C(F)(F)F)c3)s2)cc1	AlphaDrug	5I3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15047	Cc1ccc(-c2nc(-c3ccc(-c4nnnn4C)cc3)c(-c3ccc(CNC4CC4)cc3)[nH]2)cc1	AlphaDrug	5I3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15048	Cc1ccc(-c2nc(N3CCC(C(=O)O)CC3)c(-c3ccc(Cc4ccccc4)c(-c4ccc(C(F)(F)F)cn4)c3)s2)cc1	AlphaDrug	5I3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15049	Cc1ccc(-c2nc(C(C)C)c(-c3ccc(Cc4ccc(-c5nnnn5C)cc4)cc3)s2)cc1	AlphaDrug	5I3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15050	CN1CCCC(c2cc(OCCC3CCCCC3)cc(OCC3CC3)c2OC(F)(F)F)C1	AlphaDrug	5WQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15051	O=C(NC1CCC(O)C1)N1CCC(c2nnn[nH]2)CC1	AlphaDrug	5WQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15052	CN1NC(=O)C2(CCCCC2)OCC1c1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1	AlphaDrug	5WQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15053	CN1NC(=O)C2(CCCCCC2)NCC1c1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1	AlphaDrug	5WQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15054	Cc1cccc(C(=O)NC2CCN(c3ccccc3)CC2)c1C	AlphaDrug	5WQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15055	CN1CCCCC1c1cccc(C(=O)NC(CCC(=O)NCc2ccccc2)C(=O)NCC(=O)O)c1	AlphaDrug	5WQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15056	CN1CC(CO)(c2ccc(-c3ccccc3)cc2)NCC1C(=O)NCC(O)CN	AlphaDrug	5WQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15057	CN1CC(c2cc(OCCCc3ccccc3)cc(-c3ccccc3)c2)CC1=O	AlphaDrug	5WQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15058	CN1C(=O)C2(CCC(N3CCCCC3)CC2)NCC1c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5WQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15059	CN1C(=O)C2(CCCC(N3CCCCC3)CC2)NCC1c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5WQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15060	CCCCCCCCCCCCCCCCCCC(=O)NCC(C(=O)O)C(=O)NC(=O)N1CCCCCC1C(=O)O	AlphaDrug	5C1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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