Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
15091	CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(N)c(C(=O)NO)c4)c3)cc2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15092	Cc1cccc(C(=O)Nc2cccc(-c3nc4cc(CCC(=O)O)c(O)cc4[nH]3)c2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15093	CC(C)c1cccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C4CCN(C(=O)NO)CC4)c3)cc2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15094	CC(C)c1cccc(C(C)(C)C(=O)Nc2ccc(-n3c(-c4ccccc4)nc4ccccc43)cc2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15095	CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(=O)NC4CCN(C(=O)NCC(C)(C)C)CC4C)c3)cc2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15096	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3c[nH]c4ccc(CC(=O)NC5CCCC5)cc34)c2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15097	CC(C)c1cccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)c(Cl)c4)c3)cc2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15098	CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)cc2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15099	CC(C)c1cccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(S(C)(=O)=O)cc4)c3)cc2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15100	CC(C)c1cccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)c(C(F)(F)F)n4)c3)cc2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15101	CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(Cl)cc4)c3)cc2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15102	CC(C)c1cccc(C(C)(C)C(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(CN5CCN(C(=O)C6CC6)CC5)cccc4c3)cc2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15103	CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(N)c3F)cc2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15104	Cc1cccc(C(=O)Nc2cccc(-c3n[nH]c4ccc(C#CCc5ccccc5)cc34)c2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15105	CC(C)c1cccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4cccc(N5CCOCC5)c4)c3)cc2)c1	AlphaDrug	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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