DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15151 CC(C)c1cccc(C(C)(C)C(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(CN5CCN(CC6CC6)CC5)cccc4c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15152 CC(C)c1cccc(C(C)(C)C(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(c3)nnn4CC3CCCC3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15153 Cc1cccc(C(=O)Nc2cccc(-c3n[nH]c4cc(C(N)=O)ccc34)c2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15154 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(F)c(O)c4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15155 Cc1cc(N[SH](C)(=O)c2cccc(C(C)C)c2)ccc1-c1cccc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)nc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15156 CC(C)c1cccc(C(C)(C)C(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(CN5CCOCC5)c(N)nnc4c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15157 CC(C)c1cccc(C(C)(C)C(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(c3)nc(N)n4CC3CCC(C(=O)O)C3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15158 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cc4c(cc3O)CN(CC3CC3)CCC4)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15159 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3C(F)(F)F)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15160 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4cccc(F)c4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15161 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C4(C(=O)NO)CCCC4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15162 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(C(F)F)nn4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15163 CC(C)c1cccc(C(C)(C)C(=O)Nc2ccc(-c3ccc4c(CN5CCCC5)cccc4c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15164 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)nc4)c3)c2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15165 CC(C)c1cccc([SH](C)(=O)Nc2ccc(-c3cc(CCCC(=O)O)c4c(N)ncnc4c3)cc2)c1 AlphaDrug 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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