Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
14941	Cc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc3ccccc23)cc1N1CCc2ccccc2OC1	AlphaDrug	5K1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14942	Cc1nc2ccc(-c3ccc(S(=O)(=O)N4CCCC4C(=O)NC(=O)N(c4ccccc4)c4ccccc4)cc3)cc2n1Cc1ccccc1	AlphaDrug	5K1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14943	CC(C)=CCNC(=O)NC(=O)N(C(=O)O)C1CCN(C2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(-c4ccc5nc(C)n(Cc6ccccc6)c5c4)cc3)CC2)CC1	AlphaDrug	5K1F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14944	Cc1nc2ccc(-c3ccc(S(=O)(=O)NC4CC4)cc3)cc2n1Cc1ccccc1	AlphaDrug	5K1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14945	Cc1nc2ccc(-c3ccc(S(=O)(=O)N4CCC(N5CC(NC(=O)NC6CCCCC6)C5=O)CC4)cc3)cc2n1Cc1ccccc1	AlphaDrug	5K1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14946	Cc1nc2ccc(-c3ccc(S(=O)(=O)N4CCC(N5CCC(N(C(=O)O)C(=O)NC(=O)NCC(=O)O)CC5)CC4)cc3)cc2n1Cc1ccccc1	AlphaDrug	5K1F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14947	Cc1nc2ccc(-c3ccc(S(=O)(=O)N4CCCC(N(C(=O)NCCCCCCCCN)C(=O)NC5CCCC5)C4)cc3)cc2n1Cc1ccccc1	AlphaDrug	5K1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14948	Cc1nc2ccc(-c3ccc(S(=O)(=O)N4CCC(N5CCC(N(C(=O)NO)C(C)(C)C(=O)O)CC5)CC4)cc3)cc2n1Cc1ccccc1	AlphaDrug	5K1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14949	Cc1nc2ccc(-c3cccc(-c4ccccc4)c3)cc2n1C(=O)O	AlphaDrug	5K1F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14950	CC(C)CC(Nc1ccc(S(C)(=O)=O)cc1)C(=O)N1CCC(Nc2nc3cc([N+](=O)[O-])ccc3[nH]2)CC1	AlphaDrug	4PF5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14951	CC(C)CC(Nc1ccc(S(C)(=O)=O)cc1)C(=O)N1CCC(Nc2nc3cc(Cl)ccc3[nH]2)CC1	AlphaDrug	4PF5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14952	CC(C)CC(Nc1ccc(S(C)(=O)=O)cc1)C(=O)N1CCC(Nc2nc3cc(Cl)ccc3[nH]2)C1	AlphaDrug	4PF5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14953	CC(C)CC(Nc1ccc(S(C)(=O)=O)cc1)C(=O)N1CCC(Nc2nc3cc(F)c(F)cc3c(=O)n2C)CC1	AlphaDrug	4PF5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14954	CC(C)CC(NC(=O)N1CC(c2nc3cc(Cl)ccc3[nH]2)C1)C(=O)NCc1ccc(O)cc1	AlphaDrug	4PF5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14955	CC(C)CC(Nc1ccc(S(C)(=O)=O)cc1)C(=O)N1CCC(n2c(=O)[nH]c(=O)c3ccc(F)cc32)CC1	AlphaDrug	4PF5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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