DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14881 Cc1cc(NC(=O)C(C)C)ncc1C(O)c1cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)ccc1O AlphaDrug 5G45 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14882 Cc1ccc(CC2CN(C(=O)N(Cc3ccccc3)C(=O)O)C(C)(C)C2)cc1O AlphaDrug 5G45 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14883 Cc1cc(NC(=O)C(C)C)ncc1C(O)C(=O)c1ccc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 5G45 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14884 Cc1cc(NC(=O)C(C)C)ncc1C(=O)c1ccc(Sc2ccc3c(Cl)cccc3c2)cc1 AlphaDrug 5G45 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14885 Cc1cc(NC(=O)C(C)C)ncc1CCN1CCCC(C(=O)CNC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C1 AlphaDrug 5G45 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14886 Cc1cc(-c2ccc(NC(=O)C(C)c3ccc4cccc(C)c4c3)cc2C)ccc1C(=O)O AlphaDrug 5G45 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14887 Cc1cc(NC(=O)C(C)C)ncc1C(O)c1cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc(C)c1O AlphaDrug 5G45 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14888 Cc1ccc(Cl)cc1-c1cc(C(=O)NCCC(=O)NCC(=O)O)cc2c(O)c(O)ccc12 AlphaDrug 5G45 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14889 Cc1cc(NC(=O)C(C)C)ncc1C(O)c1cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2C(=O)O)ccc1O AlphaDrug 5G45 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14890 Cc1ccc(-c2nc3cc(-c4ccc(F)cc4)ccc3n2C2CCC(CC(C)C)C2)cc1 AlphaDrug 5L2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14891 CC(C)CC1CCC(n2c(-c3ccc(C(=O)O)cc3)nc3cc(-c4ccc(Cl)cc4)ccc32)C1 AlphaDrug 5L2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14892 Cc1cn(C(CC(C)C)c2ccc(Cl)cc2)c2cc(Cl)ccc12 AlphaDrug 5L2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14893 CCC(CC(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NCc1ccccc1)NC(=O)Cc1ccccc1 AlphaDrug 5L2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14894 CC(C)CC1CCC(n2c(-c3ccc(C(=O)O)cc3)nc3cc(-c4ccccc4)cnc32)C1 AlphaDrug 5L2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14895 Cc1ccc(-c2cnn(C(CC(C)C)c3ccc(Cl)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5L2S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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