DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14821 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NCC4CC4)c3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14822 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-n3cnc4[nH]ccc43)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14823 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14824 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4ccccc34)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14825 Cc1ccc(-c2cc(N)c3[nH]c(C(=O)NCC(O)C(O)C(F)(F)F)cc3c2C)cc1 AlphaDrug 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14826 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3ccc(C(=O)NC4CCC(N)C4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14827 Cc1cc(-c2ccc(C3=CCCCC3)cc2)ccc1C(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14828 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3ccc(C4CC4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14829 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4[nH]ncc34)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14830 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-n3cnc4ccccc43)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14831 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4c3CN(C)C4=O)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14832 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3ccccc3C(=O)NCC(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14833 Cc1cc(O)cc(C(=O)c2cc(F)cc(S(=O)(=O)N3CCC(CCc4ccccc4)C3)c2O)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14834 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cc(OCC4CC4)ccc3F)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14835 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C4(C(N)=O)CCCC4)c3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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