DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14776 Cc1ccc(NC(=O)c2cc(-c3ccccc3)ccc2C(F)(F)F)cc1N1CCCN(c2cccc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5B5G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14777 Cc1nnc(C(=O)NCCCCN2CCOCC2)nc1CN1CCC(N2CCN(c3cccc(Cl)c3)CC2)CC1 AlphaDrug 5B5G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14778 Cc1ccc(NC(=O)C(Cc2c[nH]c3ccccc23)NC(=O)c2cccc(C(N)=O)c2)cc1 AlphaDrug 5B5G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14779 Cc1ccc(NC(=O)C(Cc2c[nH]c3ccccc23)NC(=O)c2cccc(-c3cnccn3)c2)cc1OC(F)(F)F AlphaDrug 5B5G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14780 Cc1ccc(NC(=O)c2ccc(C#N)cc2)cc1CN1CCCCC1 AlphaDrug 5B5G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14781 Cc1ccc(NC(=O)C(Cc2c[nH]c3ccccc23)NC(=O)c2cccc(-c3cncc4ccccc34)c2)cc1 AlphaDrug 5B5G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14782 Cc1ccc(NC(=O)C(Cc2c[nH]c3ccccc23)NC(=O)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5B5G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14783 Cc1cccc(CNC(=O)c2cc(Cl)cc(N(CC(N)=O)Cc3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 5B5G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14784 Cc1ccc(NC(=O)C(Cc2c[nH]c3ccccc23)NC(=O)c2cccc(C)c2)cc1 AlphaDrug 5B5G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14785 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cc(OC4CCCCC4)ccc3F)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14786 Cc1cc(O)cc(C(=O)NC(=O)N2CCC(CCCc3ccccc3)CC2)c1 AlphaDrug 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14787 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3ccc(S(=O)(=O)C4CCCCC4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14788 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cc(F)cc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)c2O)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14789 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-n3c(CC4CCCC4)nc4ccccc43)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14790 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4cccnc34)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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