Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
14806	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cc(C4CCNCC4)nc4[nH]ncc34)c2)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14807	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3ccc(C4(C(N)=O)CCCC4)cc3)c2)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14808	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3ccc(C4CCN(C(=O)CN5CCCC5)CC4)o3)c2)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14809	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cc(F)cc(C3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14810	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cc(OC3CCCC3)cc(C3CCCCC3)c2)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14811	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4[nH]c(=O)n(C)c34)c2)c1	AlphaDrug	3G51	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14812	Cc1cc(O)cc(C(=O)NC(=O)c2cccc(C3CCCCC3)c2)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14813	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4[nH]ccc34)c2)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14814	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4nc[nH]c34)c2)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14815	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C4CCN(C(=O)CN5CCCCC5)CC4)c3)c2)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14816	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NC4CCCCC4)c3)c2)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14817	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cc(Cl)cc(-c3nc(C4CCN(C(=O)CO)CC4)cs3)c2O)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14818	Cc1cccc(CNC(=O)c2cc(-c3cccc(CCCCCc4cccnc4)c3)n[nH]2)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14819	Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cc(Cl)cc(-c3ccccc3)c2O)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
14820	Cc1cc(O)cc(C(=O)NCc2cccc(CCCCCc3nc(-c4cccnc4)c[nH]3)c2)c1	AlphaDrug	3G51	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

14806 to 14820 of 73725 items. Total 4915 pages.