DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14761 O=S(=O)(Nc1ccc(-c2cncc3ccccc23)cc1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4QFN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14762 N#Cc1ccc(NC(=O)c2ccc(-c3ccc(Cl)c(Cl)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4QFN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14763 O=S(=O)(Nc1cccc(-c2ccc3nc(-c4ccccc4)[nH]c3c2)c1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4QFN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14764 O=S(=O)(Nc1ccc(-c2cnc3ncc(-c4ccccc4)cn23)cc1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4QFN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14765 NC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6DPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14766 NC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c3cccc(OC(=O)Nc4ccccc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 6DPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14767 NC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)Nc3cccc(N4CCN(c5ccccc5)CC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 6DPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14768 NC(=O)C1CCC(NC(=O)c2ccc(N3CC(OC4CC4)C3)c(Oc3ccccc3)c2)C1 AlphaDrug 6DPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14769 NC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(CC(=O)NCc4ccc(C(F)(F)F)cc4)NC3=O)cc2)cc1 AlphaDrug 6DPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14770 NC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c3cccc(OC(=O)Nc4ccccc4)n3)cc2)cc1 AlphaDrug 6DPY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14771 NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(OCc4ccc(C(F)(F)F)cc4)c(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 6DPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14772 NC(=O)Nc1ccc(-c2cc(Cl)cc3ccc(O)cc23)cc1 AlphaDrug 6DPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14773 NC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c3ccc(OC(F)F)c(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 6DPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14774 NNC(=O)CN(Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(NC(N)=O)cc3)cc2)cc1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 6DPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14775 Cc1ccc(NC(=O)C(Cc2cccc(N=C(N)N)c2)NC(=O)c2cccc(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 5B5G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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