DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14791 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4n[nH]nc34)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14792 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4c(CNCC(=O)O)cccc34)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14793 Cc1cc(Oc2ccccc2NC(=O)C(=O)C2CCCCC2)cc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14794 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)n2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14795 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4[nH]nnc34)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14796 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(-c4cnnn4C)n3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14797 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cc(Cl)cc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14798 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3ccc(C4CCN(C(=O)CO)CC4)nc3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14799 Cc1cc(O)cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14800 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4c(N)n[nH]c34)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14801 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)C4CC4)c3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14802 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)n2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14803 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14804 Cc1cc(O)cc(C(=O)c2cc(F)cc(OC3CCC(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14805 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NS(C)(=O)=O)c3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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