DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14851 Cc1cccc(NS(=O)(=O)c2ccc(NC(=O)c3ccc(OCCCCc4ccccc4)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14852 O=S(=O)(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cccc(C2CCN(c3cnc4[nH]ncc4n3)CC2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14853 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)ccc3F)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14854 O=S(=O)(Cc1ccc(-c2cc(C3CCCCC3)cc(C3CC3)c2)cc1)c1ccccc1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14855 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3n[nH]c4ccccc34)n2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14856 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-n3ncc4ccccc43)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14857 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(=O)NC4CCC(N)C4)c3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14858 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NCc4ccccn4)c3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14859 Cc1cc(O)cc(C(C)Nc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)n3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14860 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NC4CC4)c3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14861 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)n3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14862 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4c3CCN4CC3CCCC3)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14863 Cc1cc(O)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3cccc4n[nH]cc34)c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14864 Cc1cc(O)cc(-c2cc(C3CCCCC3)c3[nH]c(=O)[nH]c3c2)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14865 Cc1cc(O)cc(-c2cc(NS(=O)(=O)C3CCCC3)cc(F)c2O)c1 AlphaDrug 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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