DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14911 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)Nc2cccc(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4U54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14912 Cc1ccc(OCC2CCN(Cc3ccc(-c4ncccn4)cc3)C2)cc1NC(=O)c1ccc(C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 4U54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14913 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)Nc2cccc(Cc3ccc(S(C)(=O)=O)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4U54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14914 Cc1c(-c2ccc(C(C)C)cc2)c(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)nc2cc(C(=O)NCC(O)CN)ccc12 AlphaDrug 4U54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14915 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)Nc2cccc(Cc3ccc4oc(=O)[nH]c4c3)c2)cc1 AlphaDrug 4U54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14916 Cc1cc(C(F)(F)F)ccc1-n1nc(C(F)(F)F)c2cnc(N3CCN(C(C)(C)C(=O)NC(C(=O)O)c4ccc(Cl)cc4)CC3)nc21 AlphaDrug 4U54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14917 Cc1cc(C)c2ccc(Cc3cccc(NC(=O)c4ccc(C(C)(C)C)cc4)c3)cc2n1 AlphaDrug 4U54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14918 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)Nc2cccc(Cc3ccc(NC(=O)NCc4ccc(-c5cnc(C(F)(F)F)cn5)cc4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4U54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14919 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)Nc2cccc(Cc3ccc4[nH]c(=O)oc4c3)c2)cc1 AlphaDrug 4U54 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14920 COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(NC(=O)NC4CCC(C)(C)N(C)C4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14921 COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(NC(=O)Nc4ccc(-c5ccc(C(N)=O)cc5)cc4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14922 COc1ccc(C)c(S(=O)(=O)Nc2ccc(OCC3CCN(C)CC3)cc2)c1 AlphaDrug 5NAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14923 COc1ccc(-c2cc(O)c(C(=O)NC3CCCCN(C(N)=O)C3)c(=O)[nH]2)cc1O AlphaDrug 5NAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14924 COc1ccc(-c2c(O)cc(C3CCNCC3)cc2OC)cc1O AlphaDrug 5NAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14925 COc1ccc(-c2nc(Nc3ccc(S(N)(=O)=O)cc3)c3ccccc3n2)cc1 AlphaDrug 5NAU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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