DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14731 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14732 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2cc(-c3cccc(C)c3C)on2)cc1 AlphaDrug 5NW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14733 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5cccc(CCC(=O)O)c5)CC4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14734 Cc1ccc(C2CC2)cc1NC(=O)c1ccc(N2CCN(c3ccc(S(C)(=O)=O)cc3)CC2)nc1 AlphaDrug 5NW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14735 COc1ccc(-c2cn(C3(c4ccc(Cl)c(Cl)c4)CC3)cn2)cc1 AlphaDrug 6EQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14736 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(C(=O)NC(CCCCNc2cc(C)ccn2)C(=O)NC(CCCN)C(=O)O)C2CCCC2)cc1 AlphaDrug 6EQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14737 COc1ccc2c(c1)C(C)=C2CCCCC(=O)c1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 6EQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14738 COc1ccccc1C(=O)c1cc(C2=C(c3ccc(O)cc3)C(=O)C(C)(C)C(=O)NC2=O)c(O)cc1C AlphaDrug 6EQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14739 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccc(C(C)C)c(NC(=O)OCc3ccccc3)c2)cc1 AlphaDrug 6EQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14740 COc1ccccc1C(=O)c1ccc(C(=O)Nc2cccc(NC(=O)C3CC3)c2)c(Cl)c1 AlphaDrug 6EQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14741 COc1ccc(S(=O)(=O)NC2CCC(NC(=O)c3ccc(Cl)c(Cl)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 6EQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14742 COc1ccc(-c2nc(-c3ccnc4[nH]ccc34)c(-c3cnc4ncccn34)s2)cc1 AlphaDrug 6EQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14743 COc1ccc(-n2c(C)nc(Nc3ccc(S(C)(=O)=O)cc3)c2-c2ccncc2)cc1 AlphaDrug 6EQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14744 COc1ccc(CNc2nc(-c3ccc(CN4CCCC4)cc3)nc3ccccc23)cc1OCCOCCOCCO AlphaDrug 6EQ8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14745 COc1cccc(-c2ccc(CN(CC3CCCNC3)c3ccc4ccccc4n3)cc2)c1 AlphaDrug 4N7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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