DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14671 Cc1nc(Nc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)nc(-c2ccc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc2)n1 AlphaDrug 6FTF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14672 Cc1nc(Nc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)nc(-c2ccc(-c3ccc(N4CCN(c5cccnc5)CC4)cc3)cc2)n1 AlphaDrug 6FTF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14673 Cc1nc(Nc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)nc(-c2ccc(-c3ccc(N4CCC(O)C4)cc3)cc2)n1 AlphaDrug 6FTF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14674 Cc1nc(Nc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)nc2ccc(-c3cccc(N4CCCC4)c3)cc12 AlphaDrug 6FTF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14675 Cc1ccc(-c2cc(F)c(CNC3CC3)c(N)n2)cc1 AlphaDrug 5VR8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14676 Cc1ccc(-c2cc(C(=O)NCc3ccccc3NC(=O)c3ccc(-c4ccccc4C(F)(F)F)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 5VR8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14677 Cc1ccc(-c2cc(F)c(C)c(C(=O)NC(CO)Cc3ccccc3)c2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5VR8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14678 Cc1ccc(-c2cc(F)c(C(=O)NCC(O)c3cccc(NS(=O)(=O)C(F)(F)F)c3)c(F)c2)cc1 AlphaDrug 5VR8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14679 Cc1ccc(-c2cc(N)c(C(=O)NC3CCN(c4ccc(-c5ccccc5C(F)(F)F)cc4)CC3)c(=O)[nH]2)cc1 AlphaDrug 5VR8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14680 Cc1ccc(-c2cc(F)c(C(=O)NCCO)cc2C(=O)NCC(O)CN2CCC(c3ccccc3)CC2)cc1O AlphaDrug 5VR8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14681 Cc1ccc(-c2cc(F)c(C(=O)NCC(O)c3ccc(O)cc3)c(F)c2)cc1 AlphaDrug 5VR8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14682 Cc1ccc(-c2cc(F)c3c(O)c(O)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5VR8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14683 Cc1cc(N)c2c(N)c(C(=O)NC3CCN(c4ccc(F)cc4F)CC3)nnc2n1 AlphaDrug 5VR8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14684 NC1CC(C(=O)N2CCCN(c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)CC2)CN1 AlphaDrug 5VR8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14685 COc1ccc(C2CN(c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2OC(=O)N2CCC(NC(=O)OC3CCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5FUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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