DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14626 CC(C)Cc1cc(C(=O)O)cc(-c2cc(-c3cccc(C(=O)O)c3)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4TQN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14627 CC(C)Cc1cc(C(=O)O)cc(-c2cc(-c3cc(C(=O)O)ccc3OC(F)(F)F)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4TQN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14628 CC(C)Cc1ccc(NC(=O)C(Cc2ccc(C(=O)O)cc2)NC(=O)C2CCN(C(=O)C(C)C(=O)O)CC2)c2ccccc12 AlphaDrug 4TQN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14629 CC(C)Cc1cc(C(=O)O)cc(-c2cc(Oc3cccc(C(=O)O)c3)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4TQN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14630 CC(C)Cc1cc(C(=O)O)cc(-c2cc(-c3ccc(COCC(=O)O)c(OC(F)(F)C(F)(F)F)c3)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4TQN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14631 CC(C)Cc1c(-c2cccc3ccccc23)oc2ccc(-n3c(C(N)=O)cc4ccccc43)cc12 AlphaDrug 4TQN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14632 CC(C)Cc1cc(C(=O)O)cc(-c2cc(OC(C)C)c(C(N)=O)cc2C(=O)O)c1 AlphaDrug 4TQN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14633 CC(C)Cc1cc(C(=O)O)cc(-c2cc(CNC(=O)C3CC3NC(=O)C(C)N(C)C)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4TQN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14634 CC(C)Cc1cc(C(=O)O)cc(-c2cc(-c3cccc4c3ccn4CCCC(=O)O)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4TQN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14635 O=C(O)c1cccc(-c2cc(C(=O)NO)cn2Cc2ccc([SH](F)(F)(F)F)cc2)c1 AlphaDrug 6CSQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14636 O=C(NO)c1ccc(-c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 6CSQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14637 O=C(NO)c1ccc(C(CC(=O)N2CCC3(CCCC3)NC2=O)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 6CSQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14638 O=C(O)c1ccc(C=C2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(C(=O)NO)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6CSQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14639 O=C(NO)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCC(NC4CCCCC4)C3)C2)cc1 AlphaDrug 6CSQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14640 O=C(NO)c1ccc(-c2ccc3c(c2)N(C(=O)c2ccccc2)CC(c2ccccc2)C3)cc1 AlphaDrug 6CSQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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