DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14581 CN(C)c1cccc(S(=O)(=O)NC2CCC(Oc3cccc(-c4cccnc4)c3)CC2)c1 AlphaDrug 6ABX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14582 O=C(Nc1ccccc1)Nc1ccc2nccc(CN3CCCC3)c2c1 AlphaDrug 6ABX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14583 Nc1cccc(C(c2ccc3ncccc3c2)N2CCNCC2)c1 AlphaDrug 6ABX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14584 Nc1cccc(C(=O)NC2C=CCC(Oc3cccc(C(=O)Nc4ccccc4)c3)C2)c1 AlphaDrug 6ABX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14585 Cc1c(CC(C)C(=O)O)cc2cc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3C(F)(F)F)nc(N3CCCC(C)C3)n12 AlphaDrug 4RDN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14586 Cc1c(Cl)cccc1C(=O)Nc1cc(C(C)Cc2cc3ccccc3o2)c2ccccc2c1 AlphaDrug 4RDN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14587 CC(Cc1cc2ccccc2o1)c1cc(OS(=O)(=O)c2ccccc2-c2ccccc2)ccc1OCCC(=O)O AlphaDrug 4RDN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14588 CC(C)COc1cc2c(c(C(C)Cc3cc4ccccc4o3)cc1=O)C=C/C2=C\c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4RDN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14589 Cc1cc(Cl)ccc1C(=O)Nc1cc(C(C)Cc2cc3ccccc3o2)c2ccc(CO)cc2c1 AlphaDrug 4RDN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14590 Cc1cc(C(F)(F)F)ncc1C(=O)N1CCCC(N2CCC(C(C)Cc3cc4ccccc4o3)N(S(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)CC2)C(C)C1 AlphaDrug 4RDN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14591 CC(Cc1ccc(C(O)(C(=O)Nc2ccccc2)c2ccccc2)cc1)c1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 4RDN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14592 CC(Cc1cc2ccccc2o1)c1cc(NC(=O)c2cc(Cl)ccc2C(F)(F)F)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 4RDN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14593 CC(Cc1cc2ccccc2o1)c1cc(NC(=O)c2ccc(Cl)nc2OC(F)F)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 4RDN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14594 CC(Cc1cc2cccc(Cl)c2o1)/C(N)=N/C1CCCCC1Cc1ccc(-c2cnc(C(=O)O)nc2)cc1 AlphaDrug 4RDN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14595 COc1ccc(-c2cc(NC(=O)c3ccc(N4CCCCC4)cc3)ccc2F)cc1 AlphaDrug 6JAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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