DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14596 COc1ccc(-c2cc(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3F)ccc2-c2nnc(-c3ccccc3)o2)cc1 AlphaDrug 6JAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14597 COc1ccc(C2=NC(N(Cc3ccc(-c4nnn[nH]4)cc3)C3CCC3)N2)cc1 AlphaDrug 6JAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14598 CC(C)(C)Oc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6JAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14599 COc1ccc(-c2cc(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3F)ccc2-c2nc(C)nc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 6JAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14600 COc1ccc(C(C)NC(=O)C2CCCCN(c3nc(-c4ccccc4)c(-c4ccccc4OC)s3)C2)cc1 AlphaDrug 6JAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14601 COc1ccc(C2CCCC(NC(=O)c3ccc(-c4nnc(-c5ccc(F)cn5)o4)c(F)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 6JAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14602 COc1ccc(-c2cc(NC(=O)c3ccc(C)cc3)on2)cc1 AlphaDrug 6JAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14603 COc1ccc(-n2nc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2-c2cccnc2)cc1 AlphaDrug 6JAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14604 COc1ccc(-c2cc(NC(=O)c3ccc(-c4cnc(OCCN5CCOCC5)nc4C)cc3F)ccn2)cc1 AlphaDrug 6JAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14605 Cc1cc(C)c(O)c(-c2cc3c(C(C)(C)C)cnc(N)n3n2)c1 AlphaDrug 5MWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14606 CC(C)(C)c1cnc(N)n2c(-c3cc(O)cc4ccccc34)cnc12 AlphaDrug 5MWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14607 Cc1cc(-c2nc(C(C)(C)C)cnc2N)c(C)c(C(=O)NC2CCCCC2)c1O AlphaDrug 5MWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14608 CC(C)(C)c1cnc(N)n2nc(-c3cc(N)nc(C(=O)/N=C/Cc4ccccc4)c3)cc12 AlphaDrug 5MWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14609 CC(C)(C)c1cnc(N)n2nc(-c3cc(N)nc(Oc4cccc(S(N)(=O)=O)c4)c3)cc12 AlphaDrug 5MWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14610 CC(C)(C)c1cnc(N)n2cc(-c3cnn(Cc4ccccc4)c3)cc12 AlphaDrug 5MWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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