DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14566 Nc1cccc(-c2nc(C3CCCN(C(=O)c4cncc(C5/C=C\C/C=C\CC5)c4)C3)cnc2N)c1 AlphaDrug 5L7E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14567 Nc1cccc(-c2nc(C3CCCN(C(=O)c4cccc(C5CCCCC5)c4)C3)cnc2N)c1 AlphaDrug 5L7E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14568 Nc1cccc(-c2nc(C3CCCN(C(=O)c4ccc(C5CCCN5)cc4)C3)cnc2N)c1 AlphaDrug 5L7E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14569 Nc1cccc(-c2cccc(-c3nc(C4CCCCCC4)cnc3N)c2)c1 AlphaDrug 5L7E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14570 Nc1cccc(-c2nc(C3CCCCC3)cnc2N)c1 AlphaDrug 5L7E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14571 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5L7E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14572 Nc1cccc(-c2nc(C3CCCN(C(=O)c4cnn(-c5cccc(C(F)(F)F)c5)c4)C3)cnc2N)c1 AlphaDrug 5L7E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14573 Nc1cccc(-c2nc(C3CCCN(C(=O)Nc4ccc(C5CC5)cc4)C3)cnc2N)c1 AlphaDrug 5L7E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14574 Nc1ncc(C2CCC(NC(=O)c3ccc(C4CCCCC4)cc3)CC2)nc1-c1ccccc1 AlphaDrug 5L7E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14575 Nc1cccc(C(=O)NC2CC(CC(=O)Nc3ccc(CCCN4CCOCC4)cc3)NC(=O)c3ccccc3S2=O)c1 AlphaDrug 6ABX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14576 Nc1cccc(C(=O)NC2CCC(Oc3cccc(C(=O)Nc4cccc([N+](=O)[O-])c4)c3)CC2)c1 AlphaDrug 6ABX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14577 CN1CCN(c2ccc(-c3ccnc(NC(=O)C4CC4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6ABX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14578 Nc1cccc(-c2ccc3nc(N)nc(NCCO)c3c2)c1 AlphaDrug 6ABX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14579 Nc1cccc(C(=O)NC2CCC(Oc3cccc(C(=O)Nc4cccc(Cl)c4)c3)CC2)c1 AlphaDrug 6ABX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14580 Nc1cccc(C(=O)NC2CCC(c3ccc4c(c3)OCO4)CC2)c1 AlphaDrug 6ABX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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