DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14536 CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2n1Cc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14537 CC(=O)OC1(c2ccc(-c3cc4cc(OCc5ccc(Cl)cc5Cl)ccc4n(C)c3=O)cc2)CC1 AlphaDrug 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14538 CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3cc4ccccc4c(=O)n3C)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14539 CC(=O)Nc1ccc(-c2cc3c(C)n(Cc4ccc(C(=O)O)cc4)c(C)c3n(C)c2=O)cc1 AlphaDrug 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14540 CC(=O)Nc1ccc(Cc2ccc(C(=O)O)cc2)c(Cl)c1C(=O)O AlphaDrug 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14541 CC(=O)Nc1ccc(-c2nc3ccc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)cc3c(=O)[nH]2)cc1 AlphaDrug 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14542 CC(=O)Nc1nc2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cc3)cc2n1Cc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14543 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cc3)cn2)CC1 AlphaDrug 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14544 CC(=O)Nc1nc2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2n1Cc1ccc(C#N)cc1 AlphaDrug 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14545 CC(C)Cc1ccc(-c2ccc(CNC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c(F)c2)c(O)c1 AlphaDrug 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14546 CC(C)Cc1c[nH]c2ccccc12 AlphaDrug 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14547 Cc1nc(-c2ccc(CC(C)C)cc2F)ccc1CNC(=O)c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14548 CC(C)Cc1c[nH]c2nnc(-c3ccc(CNC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)cc12 AlphaDrug 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14549 CC(C)Cc1ccc(-c2nnc[nH]2)cc1 AlphaDrug 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14550 Cc1cc(-c2ccc(CC(C)C)cc2)c(C)cc1O AlphaDrug 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

14536 to 14550 of 73725 items. Total 4915 pages.