DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14551 CC(C)Cc1c[nH]c2ccc(-c3ccc(CNC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)cc12 AlphaDrug 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14552 Cc1noc(-c2ccc(CC(C)C)cc2)n1 AlphaDrug 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14553 COc1ccc(N(C)CC2CCCCC2)c(C)c1 AlphaDrug 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14554 CC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(CC(C)C)cc1 AlphaDrug 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14555 CC(C)C(NC(=O)c1cc2ccccc2o1)C(=O)NCCCC(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 5GMN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14556 CC(C)c1ccc(-n2cc(SCC(=O)O)nc2-c2cccc(OCC3CCCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5GMN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14557 CC(C)(C)OC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cccc(OCC(=O)O)c1 AlphaDrug 5GMN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14558 CC(C)C(NC(=O)c1cc(-c2ccccc2)on1)c1ccc(C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5GMN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14559 Cc1ccc(CCC(=O)Nc2ccc3c(c2)c(-c2cccc(OCC(C)(C)O)c2)nn3C)cc1 AlphaDrug 5GMN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14560 CC(C)C(NC(=O)c1cc2ccccc2o1)C(=O)NCC(C)(C)c1cccc(OCC(=O)O)c1 AlphaDrug 5GMN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14561 CC(C)C(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(CCC(=O)O)cc2)cc1)C(=O)NCC(=O)NC1CCC(CC(=O)O)C1 AlphaDrug 5GMN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14562 CC(C)C(NC(=O)c1cc(S(=O)(=O)CCCO)cc(OCC2CCCCCC2)c1O)C(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 5GMN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14563 CC(C)CC(NC(=O)CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)C(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 5GMN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14564 COc1ccc(-c2cc(C(=O)NCCC(C)(C)N)ccc2OCC(C)(C)O)cc1 AlphaDrug 5GMN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14565 Nc1ncc(C2CCCCC2)nc1-c1cccc(Oc2ccccc2)c1 AlphaDrug 5L7E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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