DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14476 CC1CN(c2ccc(C(N)=O)cc2)CCN1C(=O)N1CCC(c2cnc(Cl)cc2Cl)CC1 AlphaDrug 6UEG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14477 CC1CCN(c2ccc(C(N)=O)cc2)CCN1C(=O)c1ccc(-c2ccc3ncccc3c2)cc1 AlphaDrug 6UEG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14478 CC1CN(c2ccccc2)CCN1C(=O)Nc1ccc(N2CCC(c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6UEG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14479 Cc1nn(C)c2ccc(-c3ccnc(N4C=CN(C(=O)N5CCC(c6ccc(F)cc6)CC5)C(C)C4)c3)cc12 AlphaDrug 6UEG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14480 Cc1nc2ccc(-c3ccc(C(=O)N4CCN(c5ccnc(N)c5)CCC4C)cc3)cc2n1C AlphaDrug 6UEG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14481 CC1CN(c2cc(-c3ccc(F)cc3)cnc2N)CCN1C(=O)N1CCC(c2ccc(F)cc2)CC1 AlphaDrug 6UEG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14482 CC1CN(c2cc(-c3ccc(F)cc3)cnc2N)CCN1C(=O)N1CCC(c2ccc(F)cc2)CC1 AlphaDrug 6UEG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14483 CC1CN(c2ccc(-c3cc(C(F)(F)F)nc(C(N)=O)n3)cc2)CCN1C(=O)NC(CC1CC1)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 6UEG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14484 CC1CN(c2cccc(F)c2)CCN1C(=O)N1CCC(c2ccc(F)c(F)c2)CC1 AlphaDrug 6UEG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14485 CC1CN(c2ccc(C(=O)NCCCC(=O)O)cc2)CCN1C(=O)N1CCC(c2ccccn2)CC1 AlphaDrug 6UEG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14486 CC(C)(C)c1cc(C(=O)Nc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1NC(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5FYX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14487 CC(C)(C)c1cc(C(=O)Nc2ccc(F)cc2)ccc1NC(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5FYX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14488 CC(C)(C)c1cc(C(=O)NCc2cccc(N)c2)ccc1NC(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5FYX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14489 CC(C)(C)c1cc(C(=O)NCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1NC(=O)CCc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 5FYX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14490 CC(C)(C)c1cc(C(=O)Nc2cccc3ccnn23)ccc1NC(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5FYX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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