DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14431 O=C(O)C1CCC(c2ccc(-c3n[nH]c4ccccc34)cc2)CN1 AlphaDrug 5NK7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14432 O=C(O)C(=O)N1CCCC(Nc2cnc(C3CCCCC3)cn2)CC1 AlphaDrug 5NK7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14433 CC(NC(=O)c1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)n[nH]1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5NK7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14434 O=C(CCCCc1c(Cl)ccc2cc(NC(Cc3ccccc3)C(=O)O)ccc12)Nc1ccccc1 AlphaDrug 5NK7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14435 O=C(O)Cc1ccc(CCCCNC(=O)c2cnc(N3CCCCC3)cn2)cc1 AlphaDrug 5NK7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14436 O=C(Nc1cccc(Cl)c1)c1ccc(O)c(C2CCC(C(=O)O)CC2)c1 AlphaDrug 5NK7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14437 CC1CCC(Nc2nc(Nc3cnn(C)c3)nc3ccccc23)CC1 AlphaDrug 5NK7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14438 Cc1nc2ccc(-c3ccc(N4CCC(N5CCNC5)CC4)cc3)cc2n1C AlphaDrug 4Z0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14439 Cc1nc2ccc(-c3ccc(N4CCN(C(=O)c5c[nH]c6ccccc56)CC4)cc3)cc2n1C AlphaDrug 4Z0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14440 Cc1nc2ccc(-c3ccc(N4CCN(C(=O)C5CCCCC5NC(=O)NCCC(=O)O)C(=O)C4)cc3)cc2n1C AlphaDrug 4Z0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14441 Cc1nc2ccc(-c3ccc(N4CCN(C(=O)C5COCCO5)CC4)cc3)cc2n1C AlphaDrug 4Z0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14442 Cc1nc2ccc(-c3ccc(N4CCC(NS(=O)(=O)c5ccccc5)CC4)cc3)cc2n1C AlphaDrug 4Z0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14443 Cc1nc2ccc(-c3ccc(N4CCN(C(=O)c5ccccc5)CC4)cc3)cc2n1C AlphaDrug 4Z0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14444 Cc1nc2ccc(-c3ccc(N4CCN(C(=O)c5cccc6ccccc56)CC4)cc3)cc2n1C AlphaDrug 4Z0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14445 Cc1nc2ccc(-c3ccc(N4CCN(C(=O)C5CCOC5)CC4)cc3)cc2n1C AlphaDrug 4Z0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

14431 to 14445 of 73725 items. Total 4915 pages.