DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14386 O=C(O)c1cc(-c2ccc(OC3CC3)cc2)nn1-c1cc(O)ccc1CC1CCCCC1 AlphaDrug 6MA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14387 Oc1ccc(CC2CCCCC2)c(-c2ccc(OCc3cccc4cc(C(F)(F)F)ccc34)cc2)c1 AlphaDrug 6MA3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14388 COc1cccc(Cn2nnc3c(C(=O)O)cccc32)c1 AlphaDrug 6JBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14389 COc1cccc(Cn2ncc3ccccc32)c1C(=O)N(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 6JBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14390 COc1cccc(Cn2ncc3ccccc32)c1C(=O)NC(CO)Cc1ccccc1 AlphaDrug 6JBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14391 COc1cccc(N(Cc2ccccc2)C(=O)c2c(Cn3ncc4ccccc43)cccc2OC)c1 AlphaDrug 6JBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14392 COc1cccc(Cn2ncc3ccccc32)c1C(=O)N(Cc1ccccc1)C(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 6JBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14393 COc1cccc(Cn2ncc3ccccc32)c1C(=O)N(CC(O)C(O)c1cccc(C(=O)O)c1)c1ccccc1 AlphaDrug 6JBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14394 COc1cccc(Cc2nc3ccccc3n2Cc2ccc(C(=O)O)cc2)c1 AlphaDrug 6JBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14395 COc1cccc(C(C)CNC(=O)c2c(Cn3ncc4ccccc43)cccc2OC)c1 AlphaDrug 6JBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14396 COc1ccc(N2CCN(C(=O)CCc3ccc(CO)cc3)CC(O)C2)cc1 AlphaDrug 6JBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14397 COc1cccc(Cn2ncc3nc(C)ccc32)c1 AlphaDrug 6JBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14398 O=C(Nc1ccccc1C(=O)N1CCC(N2CCC(c3ccccc3)CC2)CC1)c1ccccc1 AlphaDrug 5E1S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14399 O=C1CCN(C(=O)Nc2cccc(C(=O)N3CCC(C4(c5ccccc5)CCCOCC4)CC3)c2)c2ccccc21 AlphaDrug 5E1S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14400 O=C(Nc1cccc(C(=O)N2CCC(C3(c4ccccc4)C=CCOCC3)CC2)c1)N1CCCN(C(=O)c2ccccn2)CC1 AlphaDrug 5E1S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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