DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14326 Cc1c(-c2ccc(C(=O)NC(C)c3ccc(N4CCN(c5cccc(N)n5)CC4)cc3C(F)(F)F)cc2)nnn1CCN AlphaDrug 5TCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14327 Cc1ncc2cc(C(=O)NC(C)c3ccc(Cl)cc3)nn2c1N AlphaDrug 5TCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14328 Cc1ccc(-c2coc3c(O)nc(O)cc23)cc1 AlphaDrug 6IFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14329 Cc1ccc(-c2c[nH]c3cc(OCC4CCNCC4)ccc23)cc1 AlphaDrug 6IFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14330 Cc1ccc(-c2coc3cc(Oc4ccc(Cl)cc4)ccc23)cc1 AlphaDrug 6IFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14331 Cc1noc(-c2cc3cc(O)ccc3o2)n1 AlphaDrug 6IFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14332 Cc1ccc(-c2coc3ccc(O)cc23)cc1 AlphaDrug 6IFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14333 Cc1ccc(-c2coc3cc(Oc4cccnc4)ccc23)cc1 AlphaDrug 6IFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14334 Cc1ccc(-c2coc3cc(Oc4ccccc4)ccc23)cc1 AlphaDrug 6IFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14335 O=C(Nc1cc(Cl)cc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)c1)c1cccc(N2CCNCC2)c1 AlphaDrug 6IFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14336 Cc1cc(F)cc(S(=O)(=O)NCc2ccc(N3CCNCC3)cc2)c1 AlphaDrug 6IFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14337 Cc1ccc(-c2coc3cc(Oc4cccc(Cl)c4Cl)ccc23)cc1 AlphaDrug 6IFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14338 CCC(C)C(NC(=O)c1cc2cc(O)c(O)cc2o1)C(=O)NC1CCCCC1c1ccc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 6Q3Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14339 CC(C)CC(NC(=O)c1cc2cc(O)c(O)cc2o1)C1CCC(O)C1c1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)nc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 6Q3Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14340 CC(C)CC(NC(=O)OCc1ccccc1)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NCc1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6Q3Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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