DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14281 CC(C)(C)c1ccc(NC2=NC(=O)C(c3ccc(F)cc3)O2)cc1 AlphaDrug 4YSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14282 CC(C)(O)c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccccc3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4YSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14283 CC(C)(O)c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccnc(N)c3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4YSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14284 CC(C)(C)c1cc(NCc2cccc(-c3ccccc3)c2)cc(-c2ccc3ccccc3c2)c1 AlphaDrug 4YSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14285 CC(C)(C)C(=O)Nc1cnccc1Oc1ccc(NC(=O)Nc2ccc(C(C)(C)O)cc2)c2ccccc12 AlphaDrug 4YSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14286 CC(C)(C)c1cc(OCc2ccccc2)c2cccc(-c3ccccc3)c2n1 AlphaDrug 4YSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14287 CC(C)(C)c1cc(Nc2ncc(Cl)c(Sc3ccccc3)c2C#N)cc(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4YSL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14288 CC1(C)CCCC=C(c2ccc(S(=O)(=O)N3CCCCC3C(=O)NC(CC(F)(F)F)C(F)(F)F)cc2)C1 AlphaDrug 6QAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14289 CC1(C)CCCC=C(c2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(N4CCN(C(=O)c5cccc6ccccc56)CC4)CC3)cc2)C1 AlphaDrug 6QAS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14290 CC1(C)CCCC=C(c2ccc(S(=O)(=O)C3CCN(c4cnc(OCC5CCOCC5)nc4)CC3)cc2)C1 AlphaDrug 6QAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14291 CC1(C)CCCC=C(c2ccc(S(=O)(=O)CCC3CCN(C(=O)c4cccc5ccccc45)CC3)cc2)C1 AlphaDrug 6QAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14292 CC1(C)CCCC=C(c2ccc(S(=O)(=O)NC(CO)C(F)(F)F)cc2)C1 AlphaDrug 6QAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14293 CC1(C)CCCC=C(c2ccc(S(=O)(=O)NCC3(C(=O)O)CCN(c4cccc(Cl)c4)CC3)cc2)C1 AlphaDrug 6QAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14294 CC1CN(C(=O)c2cccc3ccccc23)CC1(C)COC(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6QAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14295 CC1(C)CCCC=C(c2ccc(S(=O)(=O)C3CCCCC3C(=O)NO)cc2)C1 AlphaDrug 6QAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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