DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14641 O=C(NO)c1ccc(C2(c3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6CSQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14642 O=C(NO)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)C2)cc1 AlphaDrug 6CSQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14643 O=C(NO)c1ccc(-c2cc3ccccc3n(CC3CCCCC3)c2=O)cc1 AlphaDrug 6CSQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14644 O=C(NO)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCc3ccc(OCc4ccccc4)cc3C2)cc1 AlphaDrug 6CSQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14645 Oc1cc(-c2cccc(COc3cccc4ccccc34)c2)on1 AlphaDrug 4JE8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14646 Oc1cc(-c2cn(Cc3ccc4ccccc4c3)c3ccccc23)on1 AlphaDrug 4JE8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14647 O=C(NCCc1ccccc1)c1cccc(-c2cc(OC3CCCc4ccccc4C3)c(O)cc2F)c1 AlphaDrug 4JE8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14648 Oc1ccc(-c2cc3c(O)cccc3o2)c(F)c1 AlphaDrug 4JE8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14649 O=C(c1ccccc1COc1ccccc1C1CCN(Cc2ccc(O)cc2)CC1)N(Cc1ccccc1)Cc1ccccc1 AlphaDrug 4JE8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14650 O=C(c1cccc2cc(-c3cc(OCc4ccccc4)c(O)cc3F)ccc12)N1CCc2ccccc2C1 AlphaDrug 4JE8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14651 O=C(NCc1ccccc1)c1cc(NC#Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)c(O)cc1F AlphaDrug 4JE8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14652 O/C1=C(\c2ccc3ccccc3c2)CCc2ccccc2OC1 AlphaDrug 4JE8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14653 Oc1ccc(-c2cc(-c3cc(O)c(O)cc3F)no2)cc1O AlphaDrug 4JE8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14654 O=C(Nc1ccccc1OC(F)(F)F)c1cc(O)cc(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 4JE8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14655 COc1ccc(C2CCC3(C)C(C)NC4(C)/C=C(/C)C(=O)C/C(=C\C43)N2)cc1 AlphaDrug 5OM3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

14641 to 14655 of 73725 items. Total 4915 pages.