DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14686 COc1cc(C(=O)N2CCC(C(=O)N3CCC(c4ccccc4)CC3)CC2)ccc1NC(=O)NC1C(=O)C(C)OCC1O AlphaDrug 5FUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14687 COc1ccc(C(=O)NC(CO)c2ccccc2)cc1NC(=O)c1ccc(C2CC2)cc1 AlphaDrug 5FUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14688 COc1ccc(-c2c(C)nn(CC3CC3)c2CNC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 5FUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14689 COc1ccc(C2CN(c3cnc(-c4ccccc4)[nH]3)CC2OC(=O)N2CCC(NC(=O)N3CCC(c4ccc(C(=O)O)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5FUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14690 COc1ccc(C2CN(CC3(F)CCCC3)CC2OC(=O)N2CCC(NC(=O)N3CCC(c4ccc(F)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5FUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14691 COc1ccc(C2CN(c3ccccc3)CC2OC(=O)N2CCC(NC(=O)N3CCC(c4ccc(C(=O)O)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5FUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14692 COc1ccc(C(=O)NC2CCCCC2C#N)cc1NC(=O)c1ccc(C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5FUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14693 COc1ccc(C2CN(c3ccccc3)CC2OC(=O)N2CCC(NC(=O)N3CCC(N(C)C(C)(C)C)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5FUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14694 COc1cccc(CC(C)C)c1NC(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5FUT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14695 Cc1ccc(Cl)cc1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)NC(CC(C)(C)C)C(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 4O97 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14696 Cc1ccc(CC2CCCCC2)cc1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)NC(CC(C)(C)C)C(=O)NCc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4O97 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14697 CC(C)(C)CC(NC(=O)C(CC(=O)O)NC(=O)OCc1ccccc1)C(=O)NCCCCCCc1ccccc1 AlphaDrug 4O97 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14698 CC(C)(C)CC(NC(=O)C(CC(=O)O)NC(=O)C(N)Cc1ccccc1)C(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 4O97 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14699 Cc1nc(CC2CCCC2)cc(C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)NC(CC(C)(C)C)C(=O)NCc2ccccc2)n1 AlphaDrug 4O97 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14700 CC(C)(C)CC(NC(=O)C(CC(=O)O)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c1)C(=O)OCc1ccccc1 AlphaDrug 4O97 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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