DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14716 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(C(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5J3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14717 CC1CN(c2ccc(C(=O)NC3CC3)cc2)CCCC1C(=O)N1CCN(C(=O)OC(C)(C)C)CC1 AlphaDrug 5J3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14718 CC(=O)N1CCC(c2c[nH]c3ccc(C4CCCN(C(=O)CC(N)=O)CC4)cc23)CC1 AlphaDrug 5J3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14719 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(NC(=O)c4ccc(Cl)cc4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5J3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14720 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(NC(=O)c4cc(Cl)n(CCN5CCCC5)c4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5J3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14721 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5J3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14722 CC(=O)c1cn(C2CCN(C(=O)CN3CCCCC3)CC2)nc1C(=O)Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5J3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14723 CC(=O)N1CCCC2(CC1)CCN(C(=O)C(CCCCCCCC(=O)N1CCCC1)NC(=O)C1CCCN1)CC2 AlphaDrug 5J3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14724 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(C(CO)(CO)C(F)(F)F)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5J3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14725 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc(C4(C(F)(F)F)CC4)n3)cc2Cl)cc1 AlphaDrug 5NW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14726 CC1CCCCN1C(=O)c1ccc(-c2ccc(C3(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14727 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5cccc(N6CCOCC6)c5)CC4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14728 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(C3(c4ccc(C5CCCCCC5)cc4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14729 Cc1ccc(-c2ccc(C3CCC3)cc2)cc1NS(=O)(=O)c1cc(F)ccc1Cl AlphaDrug 5NW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14730 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cc(OCCO)c(F)cn3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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