DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15241 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15242 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(C3=NC(C(=O)O)CCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15243 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc3c(c2)C(O)CCO3)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15244 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3=NOCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc3c(c2)C(O)CCCO3)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15245 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3c(F)cccc3F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15246 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3c[nH]c4c(Cl)cc(Cl)cc34)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15247 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc3cccc(CCC(=O)O)c3c2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15248 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3c[nH]c4ccccc34)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(F)c(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15249 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3ccccc3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15250 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2cc(C(F)(F)F)cc3n[nH]cc23)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15251 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCN(C(C)C)CC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc3c(c2)C(O)CCCO3)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15252 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(Cl)c(OC)c2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15253 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15254 CCN(Cc1ccc(-c2ccc3c(c2)OCCO3)cc1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15255 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)C2=NN(C(=O)O)CC2O)cc1 AlphaDrug 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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